御所浦中継局が開局、県下のカバー率９５％に。昭和天皇の崩御（１月７日）で４８時間、大喪の礼（２月２４日）で６時間半の特別番組（ＪＦＮネット）。クラシック『スペイン放送交響楽団公演』（５月）、『山本達彦コンサート』（１０月）、『デューク・エリントン楽団コンサート』（１０月）、『イルカ’８９コンサート』（１月）を実施。『黒柳徹子いきいき講演会』（３月）は入場希望者が続出。
主な出来事
御所浦中継局の開局
昭和６３（１９８８）年４月、八代海沿岸地域を放送区域にする御所浦中継局の開局が開局した。
送信出力１００Ｗ、周波数７８．４ＭＨｚ。
御所浦島にはどこの放送局も中継局を開設しておらず、全くの手探り状態。各方面の協力を得ながら、技術部長以下３人の技術部員が奮闘した。
深夜放送を開始
御所浦中継局の開局により、サービスエリアが大幅に拡大した。これに合わせてオールナイト番組『ＦＭナイト・ストリート』がスタート。ウィークデー（月曜～金曜）の午前１時から５時まで２部構成で、個性豊かなパーソナリティがゲストを迎えてトークを展開。リクエスト曲もふんだんに盛り込んで、大きな反響を得た。
この年の出来事
- 4月
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- 「ユーセイ＆アイセイ」（金曜11時30分～55分）スタート
- 「百万人の英語」（月～日曜6時～6時30時）スタート
- 御所浦中継局開局
- 5月
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- オールナイト番組「FMナイト・ストーリー」（月～金曜深夜1時～5時まで）放送
- ゲストに青木小夜子を迎え、「みすみファミリー・ウォーク」を三角町一帯で開催
- 「スペイン放送交響楽団公演」を県立劇場で開催
- 10月
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- 開局3周年記念「FMフェスティバル88 山本達彦コンサート」を熊本市民会館で開催
- 開局3周年記念「デューク・エリントン・コンサート」を県立劇場で開催
- らくのうミルキートーク「白いラブソング」（月～金曜10時50分～11時）スタート
- 1月
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- 6時33分、昭和天皇崩御。48時間の特別番組放送
- 「イルカ’89コンサート」を県立劇場で開催
- 3月
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- 「黒柳徹子いきいき講演会」を鶴屋百貨店7Fホールで開催